在国际快递运输中，出现出口退税不能申请的情况，主要是因为以下原因造成的：

1、企业资质问题：企业不是增值税一般纳税人，小规模纳税人出口货物一般只能享受免税政策，不能申请退税。或者企业未完成退免税备案，或备案信息不全、不准确，以及企业不具备进出口经营权等，都会导致无法申请出口退税。

2、申报资料问题：

单证不一致：出口货物报关单上的商品名称、数量、重量与出口运输单据载明的不符，且不属于合理损溢范围，按规定不能申请退税。

资料不齐全：未按规定留存好出口货物的运输单据、出口企业承付运费的国内运输发票等相关资料，或缺少出口报关单、发票、合同等必要的申报资料，会因单证不齐无法申请退税。

发票问题：增值税专用发票存在异常，如在供货企业税务登记被注销或被认定为非正常户之后开具，或发票载明的货物劳务与实际不符等，也会导致退税申请不通过。

3、操作流程问题：出口企业以自营名义出口，但不承担出口货物的质量、结汇或退税风险；将空白的出口货物报关单等退（免）税单证交由非指定的单位或个人使用；在海关验放后修改运输单据上的内容，造成与报关单有关内容不符等，这些违规操作都可能导致无法申请出口退税。

4、其他问题：企业未在规定的期限内提交退税申请，或适用不同退税率的货物劳务未分开报关、核算并申报退（免）税，以及四类企业申报时未提供收汇凭证等，都会使得出口退税不能申请。

国际快递运输中出口退税不能申请的情况，多是由于企业资质不符、申报资料问题、操作流程不规范以及未按时申报或未正确核算等原因造成的。企业在进行国际快递出口业务时，需要严格遵守相关规定，确保各项条件符合出口退税要求，以顺利申请退税。